Árið 2007 tók umboðsmaður Alþingis til athugunar að eigin frumkvæði hvort reikniregla, sem kom fram í 4. gr. B í reglugerð nr. 440/2007, um úthlutun byggðakvóta til byggðarlaga, samrýmdist b-lið 2. tölul. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða. Nánar tiltekið laut athugunin að því hvort það samrýmdist lögum að reikna ráðstöfun aflaheimilda til byggðarlaga, sem hafa orðið fyrir „óvæntri skerðingu á heildaraflaheimildum fiskiskipa“, eingöngu út frá „samdrætti í vinnslu á skel og rækju“. Sama reikniregla hefur verið lögð til grundvallar við úthlutun byggðakvóta á síðari fiskveiðiárum. Tildrög athugunarinnar voru þau að umboðsmanni barst kvörtun frá sveitarfélagi yfir úthlutun byggðakvóta fiskveiðiárið 2006 til 2007 þar sem m.a. voru gerðar athugasemdir við magn aflaheimilda sem komu í hlut sveitarfélagsins. Umboðsmaður taldi ekki skilyrði til að taka kvörtunina til sjálfstæðrar umfjöllunar á hefðbundnum grundvelli, sbr. 1. mgr. 2. gr. og 2. mgr. 4. gr. laga nr. 85/1997, þar sem ekki er gert ráð fyrir að stjórnvald geti kvartað yfir gjörðum annars stjórnvalds, en ákvað hins vegar að taka framangreint atriði til athugunar að eigin frumkvæði.
Umboðsmaður lauk athugun sinni á málinu með bréfi, dags. 30. september 2011, með vísan til 1. mgr. 10. gr. laga nr. 85/1997.
Umboðsmaður gerði grein fyrir lagagrundvelli málsins. Hann taldi að meðferð Alþingis á frumvarpi er síðar varð að lögum nr. 21/2007 um breytingu á lögum nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða, veitti ákveðnar vísbendingar um að það hefði verið afstaða löggjafans að byggðakvóta ætti ekki að nýta til að koma til móts við áföll sem væru fyrirsjáanleg vegna verulegra breytinga á aflamarki einstakra tegunda, s.s. rækju og skel. Hann taldi hins vegar að orðalag ákvæðis b-liðar 2. tölul. 1. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006 væri með þeim hætti að hann gæti ekki fullyrt með óyggjandi hætti að umrædd reikniregla, sem miðaðist við samdrátt í byggðarlagi í vinnslu á „skel og rækju“, samrýmdist ekki orðalagi ákvæðisins. Þar hafði umboðsmaður jafnframt í huga að í 10. gr. er ekki kveðið á um hvernig ráðherra ber að haga ráðstöfun þeirra aflaheimilda sem þar er fjallað um og því er ljóst að ráðherra hefur þar talsvert svigrúm. Umboðsmaður ákvað hins vegar að rita sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra bréf þar sem hann benti á að æskilegt væri að taka afstöðu til þess hvort tilefni væri til að huga að því, við fyrirhugaða endurskoðun á lögum um stjórn fiskveiða, hvort ákvæði 10. gr. laganna fæli í sér nægilega skýra afstöðu til þess hvort ráðherra væri heimilt að takmarka úthlutun aflaheimilda til byggðarlaga sem hafa orðið fyrir óvæntri skerðingu á heildaraflaheimildum við skerðingu vegna samdráttar í vinnslu á „skel og rækju“.