A leitaði til umboðsmanns Alþingis og kvartaði yfir því að sjávarútvegsráðherra hefði án fullnægjandi lagastoðar sett ákvæði um flutning veiðiheimilda milli tímabila í 3. gr. reglugerðar nr. 642/2006, um línuívilnun. Einnig voru gerðar athugasemdir við að ráðuneytið hefði ekki sinnt lögboðinni tilkynningarskyldu samkvæmt 8. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða, með því að láta hjá líða að tilkynna Fiskistofu að þorskafli á línu skuli reiknast að fullu til aflamarks.
Umboðsmaður lauk umfjöllun sinni um kvörtun A með bréfi, dags. 10. mars 2009, þar sem hann taldi sig ekki hafa forsendur til að fullyrða að reglugerðarákvæðið ætti sér ekki viðhlítandi stoð í lögum. Í bréfi sínu rakti umboðsmaður viðeigandi ákvæði laga nr. 116/2006 og reglugerðar nr. 642/2006. Hann taldi ljóst, af texta 8. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006, að við framkvæmd veiða á þorski á grundvelli línuívilnunar væri þeim sem hefðu til þess heimild aðeins tryggt á hverju þriggja mánaða tímabili það hagræði sem þetta lögmælta fyrirkomulag hefði í för með sér að því marki sem næmi hinu leyfilega viðmiðunarmagni sem ráðherra hefði ákveðið á því sama tímabili. Ef ljóst þætti, að að mati Fiskistofu, að líklegt mætti telja að leyfilegu heildarmagni yrði t.d. náð hinn 15. október á tímabilinu september-nóvember bæri Fiskistofu að tilkynna ráðuneytinu um það. Umboðsmaður tók því næst til athugunar hvort reglugerðarheimild lokamálsliðar 8. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006 veitti ráðherra slíka heimild og þá í ljósi þeirra efnisreglna um þorskveiðar línubáta sem að framan hefðu verið raktar. Í því sambandi tók umboðsmaður fram að ekki yrði að hans áliti dregin sú ályktun af orðalagi ákvæðisins að girt væri fyrir að óveiddum viðmiðunarafla væri bætt við næsta tímabil. Umboðsmaður taldi jafnframt að ekki yrði dregin sú ályktun af lögskýringargögnum að baki 3. gr. laga nr. 147/2003, sem lögfesti fyrirrennara 8. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006, að með ákvæðinu væri girt fyrir að ráðherra nýtti reglugerðarheimild sína með þeim hætti sem gert var í 3. gr. reglugerðar nr. 642/2006. Umboðsmaður talid einnig að þegar litið væri til texta 8. mgr. 11. gr. laga nr. 116/2006 og til markmiða línuívilnunar teldi hann sig ekki hafa forsendur til að telja annað en að sjónarmið sjávarútvegsráðuneytisins, sem lægju að baki skiptingu magns af þorskafla í fjögur þriggja mánaða tímabil og flutningi ónýtts afla milil tímabilanna, væru málefnaleg. Þá tók umboðsmaður fram að sú ályktun yrði ekki dregin að fyrirkomulag áðurgildandi reglugerðar nr. 3. gr. reglugerðar nr. 642/2006 um flutning ónýtts afla milli tímabila hefði sem slík bein áhrif á réttarstöðu útgerðaraðila, sem gera út báta og standa fyrir utan línuívilnunarfyrirkomulagið, með þeim hætti að það fæli í sér skerðingu á aflaheimildum umfram þá sem leiddi af þeirri skýru afstöðu löggjafans að koma á tilteknu kerfi línuívilnunar í þorski.
Umboðsmaður taldi auk þess að þar sem heimilt hefði verið að flytja ónýttan afla á milli tímabila með þeim hætti sem rakið væri í bréfinu hefði ekki hvílt skylda á sjávarútvegsráðuneytinu til að tilkynna Fiskistofu frá hvaða tíma þorskafli á línu skyldi reiknast að fullu til aflamarks þegar A vakti athygli á því í tölvubréfi til ráðuneytisins frá 24. júlí 2007 að búið væri að veiða 10 tonn af þorski umfram það sem heimilt var samkvæmt upplýsingum á vefsíðu Fiskistofu. Umboðsmaður geri því ekki athugasemdir við þetta atriði. Hins vegar ritaði umboðsmaður sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra bréf þar sem hann kom ábendingu á framfæri vegna þess dráttar sem varð af hálfu ráðuneytisins á að svara fyrirspurnarbréfi umboðsmanns.