A, B og C leituðu til umboðsmanns og gerðu athugasemdir við málsmeðferð sjávarútvegsráðuneytisins við úthlutun byggðakvóta fiskveiðiárið 2006/2007.
Athugun umboðsmanns beindist í fyrsta lagi að því hvort sú ákvörðun sjávarútvegsráðherra að staðfesta með auglýsingu (V) nr. 1186/2007, um staðfestingu reglna sveitarfélaga um úthlutun byggðakvóta, tillögur S um þá breytingu á reglum um sérstök skilyrði fyrir úthlutun byggðakvóta í því sveitarfélagi, að miðað skyldi við að fiskiskip lönduðu afla til vinnslu innan „sveitarfélagsins“ í stað innan „byggðarlagsins“, hefði verið í samræmi við lög. Í öðru lagi beindist athugunin að því hvort sú ákvörðun ráðherra að fallast á tillögu S um að víkja frá þeirri úthlutunarreglu, sem fram kæmi í 4. gr. reglugerðar nr. 439/2007, að við úthlutun skyldi heildaraflamark einstakra fiskiskipa ekki aukast um meira en 100% í þorskígildum talið miðað við úthlutun í upphafi fiskveiðiárs og ekkert fiskiskip skyldi hljóta meira en 15 þorskígildislestir, sbr. auglýsingu (II) nr. 569/2007, um staðfestingu reglna sveitarfélaga um úthlutun byggðakvóta, og síðar einnig framangreinda auglýsingu nr. 1186/2007, hefði verið í samræmi við lög. Loks beindist athugun umboðsmanns að því hvort málsmeðferð sjávarútvegsráðuneytisins vegna framangreindrar stjórnsýslukæru hefði verið í samræmi við lög. Um þann verulega drátt sem varð hjá ráðuneytinu á að svara fyrirspurnarbréfi umboðsmanns lét hann við það sitja að ítreka þau sjónarmið og þau tilmæli sem hann setti fram í kafla IV.6 í áliti sínu frá 7. desember 2009 í máli nr. 5146/2007.
Umboðsmaður rakti ákvæði 10. gr. laga nr. 116/2006, um stjórn fiskveiða, með síðari breytingum, og ákvæði reglugerðar nr. 439/2007. Umboðsmaður taldi sig ekki hafa forsendur til að fullyrða að á skorti að ráðherra gæti á grundvelli heimildar 2. málsl. 7. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006, sbr. og einnig 3. málsl. 5. mgr. 10. gr., ákveðið að víkja frá þeim efnisþætti löndunarskilyrðisins að fiskiskip bæri að landa innan hlutaðeigandi byggðarlaga. Umboðsmaður lagði þó áherslu á að kæmi fram tillaga frá sveitarstjórn um að sérreglur tækju ekki mið af löndun í byggðarlagi heldur yrði fiskiskipi heimilað að landa innan sveitarfélagsins leiddi sú aðstaða til þess að áliti hans að fram þyrfti að fara strangara mat hjá ráðuneytinu um hvort talið yrði að slík tillaga fullnægði því ófrávíkjanlega skilyrði laga nr. 116/2006, að vera reist á „málefnalegum og staðbundnum ástæðum“.
Umboðsmaður taldi að sjávarútvegsráðuneytinu hefði við mat sitt á því hvort málefnalegar ástæður væru fyrir hendi til þess að fallast á tillögu S um skyldu til að landa afla innan sveitarfélags borið að leggja heildstætt mat á þau atvik og aðstæður sem uppi voru í málinu. Með því að fallast á tillögu S hefði ráðuneytið farið þá leið að breyta efnisreglu er lyti að skilyrði um löndunarstað fiskiskipa sem áður hafði verið birt og öðlast réttaráhrif. Með því hefði í reynd verið af hálfu ráðuneytisins breytt þeim almennu stjórnvaldsfyrirmælum og þeirri framkvæmd sem áður hafði verið ákveðin með útgáfu auglýsingar nr. 569/2007 frá 26. júní 2007. Breyting með auglýsingu nr. 1186/2007 frá 13. desember 2007 hefði þannig haft afturvirk áhrif á stöðu og hagsmuni þeirra útgerðaraðila og vinnsluaðila í byggðarlögunum í S sem höfðu gert ráðstafanir á grundvelli eldri reglna. Þá hefði sú breyting í formi afnáms á eldri reglum verið gerð tæpum sex mánuðum eftir að fyrri reglur höfðu verið staðfestar með auglýsingu nr. 569/2007 og tilkynning um úthlutun hafði þegar átt sér stað. Á þessu sex mánaða tímabili hefði sjávarútvegsráðuneytið ekki afgreitt þær stjórnsýslukærur sem því hafði borist innan tveggja mánaða kærufrestsins samkvæmt 8. mgr. 10. gr. laga nr. 116/2006. Sá útgerðaraðili, er ekki hafði við aðrar upplýsingar að styðjast en auglýstar reglur og gildandi lög og reglugerðir, hefði því með réttu mátt vænta þess að úrskurðir í kærumálum í tilefni af tilkynningu um úthlutun byggðakvóta yrðu reistir á fyrirliggjandi og gildandi reglum.
Umboðsmaður taldi að sjávarútvegsráðuneytið hefði ekki sýnt fram á það með skýringum sínum eða öðrum gögnum að ráðuneytið hefði sérstaklega við mat sitt á hvort fallast ætti á tillögur sveitarfélagsins S um sérstök skilyrði, sem voru staðfestar í 2. tölul. 1. gr. auglýsingar nr. 1186/2007, hugað að því hvort réttmætar væntingar hefðu skapast hjá þeim sem áttu hagsmuna að gæta. Umboðsmaður taldi einnig að ekki hefði verið sýnt fram á að aðstæður í byggðarlaginu í S til löndunar afla til fiskvinnslu hefðu breyst sérstaklega frá því að sjávarútvegsráðuneytið staðfesti með auglýsingu nr. 569/2007 reglur um úthlutun byggðakvóta í S þar til reglurnar voru afnumdar með auglýsingu nr. 1186/2007. Það var niðurstaða umboðsmanns að sjávarútvegsráðuneytið hefði ekki sýnt fram á að það hefði lagt fullnægjandi grundvöll að mati sínu á því hvort breyting sú sem gerð var með 2. tölul. 1. gr. auglýsingar nr. 1186/2007 á áður útgefnum reglum um sérstök skilyrði fyrir úthlutun byggðakvóta í S, sem komu fram í auglýsingu nr. 569/2007, hefði samrýmst því efnisskilyrði laga að vera reist á „málefnalegum“ ástæðum.
Hins vegar var það niðurstaða umboðsmanns að hann hefði ekki forsendur til þess að fullyrða að á hefði skort að sú ákvörðun ráðuneytisins að staðfesta tillögu S, þess efnis að fella niður þær takmarkanir í reglugerð nr. 439/2007 um að við úthlutun skyldi heildaraflamark einstakra fiskiskipa ekki aukast um meira en 100% í þorskígildum talið miðað við úthlutun í upphafi fiskveiðiárs 2006/2007 og ekkert fiskiskip skyldi hljóta meira en 15 þorskígildislestir, sbr. 4. tölul. auglýsingar nr. 569/2007 og 1. tölul. 1. gr. auglýsingar nr. 1186/2007, hefði byggst á málefnalegum og staðbundnum ástæðum.
Loks var það niðurstaða umboðsmanns að málsmeðferð sjávarútvegsráðuneytisins á stjórnsýslukærum A, B fyrir hönd Y ehf, og C fyrir hönd Æ ehf. vegna ákvörðunar Fiskistofu um úthlutun byggðakvóta til báta í þeirra eigu, hefði ekki verið í samræmi við lög.
Umboðsmaður taldi, í ljósi þess að úthlutun byggðakvóta fiskveiðiársins 2006/2007 væri lokið og þess hvernig kvörtun málsins væri fram sett, ekki tilefni til að beina sérstökum tilmælum til sjávarútvegs- og landbúnaðarráðherra í tilefni af framangreindri niðurstöðu sinni. Hvað varðaði hugsanlegan rétt einstakra útgerðaraðila til skaðabóta tók umboðsmaður fram að það væri ljóst að slíkur réttur ylti á fleiri lagalegum atriðum en hefðu verið rakin í álitinu. Samkvæmt lögum nr. 85/1997 væri almennt ekki gert ráð fyrir því að umboðsmaður tæki afstöðu til bótaskyldu eða fjárhæðar bóta. Það yrði að vera verkefni dómstóla að leysa úr slíku álitaefni. Hins vegar beindi umboðsmaður þeim tilmælum til ráðuneytisins að það tæki í störfum sínum framvegis mið af þeim sjónarmiðum sem rakin væru í álitinu.